O primeiro contato do explorador português na Terra Brasilis ocorreu no Bioma Mata Atlântica, que ocupa por volta de 15% do nosso território. Portanto, a pressão antrópica iniciou-se nesta unidade biológica, que está principalmente localizado em região costeira, onde vive a maioria da população nacional.
A Mata Atlântica é considerada patrimônio nacional pela Constituição Federal de 1988, e sua preservação é uma das prioridades mundiais na luta para a conservação da biodiversidade, em função da ampla variedade de espécies endêmicas e ameaçadas de extinção. Nestes últimos anos, o desmatamento se alastrou bastante neste diversificado conjunto de ecossistemas florestais.
É o mais ameaçado entre os biomas existentes no Brasil. Atualmente sua área encontra-se muito fragmentada com remanescentes florestais localizados em áreas protegidas ou de difícil acesso.
A utilização dos seus recursos naturais somente pode ocorrer consoante legislação específica. De acordo com informações da Fundação SOS Mata Atlântica, restam apenas 12,4% das florestas que originalmente existiam.
As principais formações florestais nativas deste bioma são as Florestas Ombrófilas – Densa; Mista (Mata de Araucárias); e Aberta; Floresta Estacionais – Semidecidual; e Decidual.
Os principais ecossistemas associados ao bioma Mata Atlântica são os manguezais, vegetações de restingas, campos de altitude, brejos interioranos e enclaves florestais do Nordeste. Apresenta composições florísticas notadamente distintas, que demonstram características baseadas nas variações climáticas da macro região.
Na região sul do estado da Bahia, lugar inicial da exploração lusitana, existem bolsões reliquiares de Mata Atlântica preservada. Em contrapartida, na região metropolitana de Salvador, a primeira capital da colônia, a especulação imobiliária desordenada vem gradativamente aniquilando, no transcurso dos últimos anos, resquícios deste bioma e seus respectivos ecossistemas.